软件开发过程中存在很多的困难，常见的有这样的问题：
1 极大的复杂性
    大多数大型软件软件产品由几十甚至几百万行源代码构成，例如：Windows95操作系统由大约1100万行代码组成。每一行代码都可能影响到程序的其它部分，并且各个部分之间都可能互相影响。这样一个错综复杂的巨大系统当中，每一个小小的错误都可能导致整个系统崩溃。以技源公司的FRPCAD管道设计软件为例，在大家使用过程中，可能仅会想到一张光盘和一个加密锁，但可能不会想到，一个软件背后有十几万行代码，是一个巨大的工程。
2 高度的不确定性
    一个软件项目从一开始就存在许多不确定性因素。其一：用户需求很难确定。这是因为软件开发者很难详细了解用户的需求，甚至用户在看到产品之前也不清楚自己到底需要什么，所以从项目开发的自始至终都可能会有新的需求提出，致使系统结构不断修改，终面目全非。其二：设计不完全可以预测。有时，一个设计时认为可行的方案，在实现时可能行不通，或者初的设计方案存在很大的缺陷而没有及时发现，或者突然一个设计时没有料到的技术难点阻挡了项目的进度。从设计到实现实际上有着很大的不可预测性。其三：用户需求不断变化，如果初的用户需求没有了解的很清楚，可能整个项目很快就会陷在不断变化的需求之中不能自拔。其四：客观条件的不确定性。在项目的进展过程中，可能会有人员的流动，可能会有资源的调整，可能会有这样或那样的客观条件的限制而阻挡了项目的正常进行。在这样高度的不确定之中，在较早阶段精确估计一个项目不只是很难地，甚至是不可能的。
    项目常常严重超期或超出预算是常有的问题。据美国一份评估报告显示，17个主要的国防部软件合同中，平均28个月的进度计划推迟了20个月才完成。一个4年应该完成的任务，7年还未提交，其中没有一个项目按时完成。由于存在软件问题，B1轰炸机的部署被推迟了，同样的原因，580亿美元的A12飞机计划也被部分取消了。