1.技术创新能力不足
虽然我国在采选环节技术优势明显，但多年来采矿、选矿工艺没有大的突破和变化，传统酸碱法、高温提纯法等方法还存在较严重的环保、能耗问题。同时，产业链后端应用层面技术创新明显不足。低硫可膨胀技术、柔性石墨系列化、球化包敷改性、金属―石墨复合材料制备等众多关键技术还仍需突破。装备水平与产业的发展需求不匹配。虽然在柔性石墨、燃料电池、人造金刚石、石墨复合材料等领域，取得了一定进展，但受到了相关设备的严重制约。
2.创新组织存在结构性缺陷
目前石墨产业的企业集中在产业链前端，有少量分布在电池负极材料等领域。企业特别是产业链前端的企业，开展的技术创新活动还偏少，水平不高。前端企业同质化较严重，往往陷入价格战―利润下降―无力投入研发―继续模仿的恶性循环。